Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines ditubuhkan pada Tarikh 25 Jun 1988 di bawah Pentadbiran Penerbangan Awam China yaitu Pentadbiran Huadong. Pada tahun 1997, Syarikat Penerbangan China Eastern mengambil alih Penerbangan Umum China yang tidak menguntungkan dan juga menjadi syarikat penerbangan pertama di negara ini yang menawarkan saham di pasaran antarabangsa. Pada tahun 1998 ia menubuhkan China Cargo Airlines dalam usaha sama dengan Syarikat COSCO . Pada bulan Mac 2001, ia menyelesaikan pengambilalihan Syarikat Penerbangan Great Wall Airlines . [15] Syarikat Penerbangan China Yunnan Airlines dan Syarikat Penerbangan China Northwest Airlines yang bergabung dengan China Eastern Airlines pada tahun 2003.  Slogan syarikat adalah Keramahan Bertaraf Dunia dengan Pesona Timur (世界品位，东方魅力). 

Kerajaan China mempunyai kepentingan pemilikan majoriti dalam Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines dengan sebanyak (61.64%), sementara beberapa saham dimiliki secara terbuka seperti (saham H, 32.19%); Saham A, 6.17%. Pada Tarikh 20 April 2006, media memberitakan berita kemungkinan penjualan hingga 20% kepentingannya kepada pelabur asing, termasuk Syarikat Penerbangan Singapore Airlines, Emirates dan Japan Airlines, dengan Syarikat Penerbangan Singapore Airlines mengesahkan bahawa rundingan sedang dijalankan. [16]

Selepas mendapat persetujuan dari Dewan Negara China, diumumkan bahawa pada Tarikh 2 September 2007 Syarikat Penerbangan Singapore Airlines dan Syarikat Penerbangan Temasek Holdings (syarikat induk yang memiliki 55% dari Singapore Airlines) akan bersama-sama memperoleh saham Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines. [17] [18] Pada Tarikh 9 November 2007, pelabur menandatangani perjanjian akhir untuk membeli gabungan 24% saham dalam Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines: Singapore Airlines akan memiliki 15.73% dan Temasek Holdings akan memiliki 8.27% kepentingan dalam syarikat penerbangan itu. [19] Menunggu kemasukan Singapore Airlines ke pasaran China mendorong syarikat penerbangan Hong Kong, Cathay Pacific untuk berusaha menyekat perjanjian itu dengan membeli saham penting di China Eastern dan menolak perjanjian itu bersama Air China (yang sudah memegang sebanyak 11% kepentingan di China Eastern) pada mesyuarat pemegang saham pada bulan Disember 2007. [20] [21] Namun, pada Tarikh 24 September Cathay Pacific mengumumkan bahawa mereka telah meninggalkan rancangan ini. [22]

Syarikat induk Air China , syarikat penerbangan nasional China National Aviation Corporation, mengumumkan pada Januari 2008 bahawa ia akan menawarkan 32% lebih banyak daripada Syarikat Penerbangan Singapore Airlines untuk kepentingan 24% di China Eastern, yang berpotensi menyulitkan perjanjian yang telah diusulkan oleh Singapore Airlines dan Temasek. [23] Bagaimanapun, pemegang saham minoriti menolak tawaran yang dibuat oleh Singapore Airlines. Diperkirakan ini disebabkan oleh usaha besar yang dilakukan oleh Air China untuk membeli saham yang sebanyak 24%. [24]

Pada Tarikh 11 Jun 2009, diumumkan bahawa China Eastern Airlines akan bergabung dengan Syarikat Penerbangan Shanghai Airlines. [25] Penggabungan China Eastern dan Shanghai Airlines diharapkan dapat mengurangkan persaingan yang berlebihan antara dua syarikat penerbangan yang berpangkalan di Shanghai sambil menyatukan status Shanghai sebagai hab penerbangan antarabangsa. Pada bulan Februari 2010 penggabungan tersebut telahpun selesai. [26] Shanghai Airlines menjadi anak syarikat milik penuh kepada Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines. Walau bagaimanapun, Shanghai Airlines mengekalkan jenama dan livery (cat warna). Syarikat penerbangan gabungan baharu itu dijangka mempunyai lebih daripada separuh bahagian pasaran di Shanghai, pusat kewangan China.[petikan diperlukan] Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines juga memperoleh Syarikat Penerbangan China United Airlines pada Oktober 2010. [27][28]

Pada bulan Mac 2012, diumumkan bahawa Syarikat Penerbangan China Eastern menjalin persekutuan strategis dengan Kumpulan Qantas untuk menubuhkan Jetstar Hong Kong, sebuah syarikat penerbangan tambang rendah baharu yang akan berpusat di Lapangan Terbang Antarabangsa Hong Kong, yang akan mula beroperasi pada tahun 2013. [29] China Eastern akan memegang saham sebanyak 50% dalam syarikat penerbangan baharu itu, dengan Kumpulan Qantas memegang sebanyak 50% yang lain, mewakili jumlah pelaburan US $ 198 juta. [30] Namun, pada bulan Jun 2015, pihak berkuasa Hong Kong enggan mengeluarkan lesen operasi kepada Jetstar Hong Kong. China Eastern dan Qantas kemudiannya mengumumkan akhir pelaburan. 

Pada bulan April 2013, Syarikat Penerbangan China Eastern mendapat izin sementara untuk beroperasi di Filipina, tetapi Pihak Berkuasa Penerbangan Awam Filipina meminta mereka mendapatkan izin teknikal dan slot lapangan terbang. [31] [32]

Pada tahun 2012, Syarikat Penerbangan China Eastern dianugerahkan "Golden Ting Award" di Persidangan Tahunan Pasaran Modal China 2012, mengiktirafnya sebagai satu diantara daripada 50 jenama Cina yang paling berharga oleh WPP dan berada di kedudukan sepuluh teratas FORTUNE China CSR 2013.[petikan diperlukan]

Pada Tarikh 9 September 2014, China Eastern memperkenalkan logo baru dan warna baharu. [33] Pada tahun 2015, syarikat penerbangan tersebut telah bekerjasama dengan Syarikat Penerbangan Delta Air Lines di mana Delta akan membeli bahagian 3.55% di China Eastern dengan harga $ 450 juta. [34]

Syarikat Penerbangan China Eastern dari Tarikh 30 Jun 2015, melancarkan perkhidmatan baru ke Amerika Syarikat, kerana anggota Skyteam merancang tiga operasi mingguan dengan laluan Chengdu - Nanjing - Los Angeles dengan pesawat Airbus siri A330-200 (twin jet) (A332). [35]

Pada tahun 2017, Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines melaporkan keuntungan bersih CNY 6.4 bilion ($ 983 juta), meningkat sebanyak 41% berbanding pendapatan bersih CNY 4.5 bilion pada tahun 2016. [36]

Pada Tarikh 26 Februari 2020, Syarikat Penerbangan China Eastern Airlines melancarkan syarikat penerbangan yang baharu iaitu, Syarikat Penerbangan OTT Airlines sebagai anak syarikat untuk mengendalikan pesawat buatan dalam negara, seperti Comac C919 dan Comac ARJ21, di wilayah Delta Yangtze sebagai tambahan kepada operasi jet perniagaan. [37][38] [39][40]